Una vez conquistada la ciudad por las huestes castellanas, el rey Fernando III El Santo decide convertir los palacios almohades en sede Real de la Corte, función que sigue cumpliendo hoy día, llevando a cabo algunas reformas no estructurales. En la segunda mitad del S.XIII el rey Alfonso X El Sabio modificaría algunas estructuras antiguas para su conveniente uso y edificaría el Palacio Gótico que tendría como antesala el Patio del Crucero. Durante el S.XIV, en el reinado de Alfonso XI, el conjunto toma un marcado carácter mudéjar y se construye, entre otras, la Sala de la Justicia.
Cuando en 1350 Pedro I sube al trono de Castilla, Sevilla es elegida capital del reino. Después del terremoto de 1356, el rey Pedro I construyó un palacio de más de 2 hectáreas sobre las edificaciones palatinas islámicas, llamado Palacio Mudéjar. Este estilo, considerado como continuación del arte islámico en suelo cristiano, inunda este recinto repleto de azulejería, yeserías, artesonados de madera y epigrafía árabe, rivalizando y asemejándose al conjunto nazarí de la Alhambra.
En 1503 los Reyes Católicos crean y establecen en el Alcázar la Casa de la Contratación de Indias después de conceder a Sevilla el monopolio del comercio de la Américas. Durante el Renacimiento, y debido en gran parte por este motivo, el Alcázar se vio enriquecido artísticamente. Destacan el trabajo de Vermondo Resta, maestro mayor del Alcázar durante la primera mitad del S.XVII, que realizó entre otros la Galería de Grutescos, y las decoraciones del innovador ceramista italiano Niculoso Pisano, que a principio del S.XVI realizó entre otros el Oratorio de los Reyes Católicos y el Retablo de la Coronación de la Virgen. Del S.XVIII destacan los Salones de Carlos V, con una entrada monumental del arquitecto español, nacido en Bruselas, Sebastián van der Borcht y las modificaciones del Palacio Gótico, al que le afectó el terremoto de 1755 que tuvo epicentro en Lisboa y que tuvo réplica en la ciudad de Sevilla.
Durante el S.XIX muchas estancias fueron reformadas y decoradas al gusto de la estética decimonónica con pinturas, mobiliario, tapices y relojes. Además, los jardines, que desde el Renacimiento estaban en constante transformación, fueron rematados con nuevas portadas, galerías, pabellones, estanques y fuentes, para convertirlos en uno de los espacios ajardinados más bellos y hermosos de España.
