En 1171, la ville de Séville se rendit au calife almohade Abü Ya’qüb Yüsuf qui, afin de consolider son pouvoir, ordonna la construction d’une nouvelle mosquée sur le site de la mosquée existante. L’architecte Ahmad Ben Baso a été chargé de construire une mosquée rectangulaire de 17 nefs et d’une superficie de plus de 15 000 m2, qui a été achevée en 1182.
Deux éléments de cette mosquée subsistent : le sahn ou cour des ablutions, où se trouvait le sabil ou fontaine, qui donnait accès à l’iwan ou portique menant au lieu de prière, connu aujourd’hui sous le nom de Patio de los Naranjos (cour des orangers).
Le minaret, transformé en clocher après la Reconquête et connu sous le nom de Giralda, a également survécu. Le yamür, les boules d’or avec lesquelles un minaret est décoré, a survécu sur le minaret jusqu’en 1356, lorsqu’un tremblement de terre l’a fait tomber. Ce fut le précédent historique pour la création, des siècles plus tard, de l’actuel clocher de la Giralda.
Le minaret était tellement admiré qu’après la chute de la ville aux mains des chrétiens, et après que les Almohades aient proposé de le détruire, l’infant Don Alfonso, fils du roi Fernando III “Le Saint” et plus tard du roi Alfonso X “Le Sage”, prononça une phrase historique : “pour une seule brique qu’on lui prendrait, il les passerait tous au fil de l’épée”.